化工原料从桂林海运出口报关面临以下几个难题：

1. 输送难：桂林地处内陆，与外部地区交通交流不方便，对于化工原料的输送造成了一定的困难。从桂林出口化工原料需要通过铁路、公路、水路等不同的运输方式，可能需要经过多次中转。

2. 申报要求高：海关对于化工品作为易燃、易爆、有毒有害物品，其在出口申报时受到特殊关注，需要填写危险品申报单，准备相关证明和文件，如安全证书、运输危险品许可证、海关监管证等，要求十分严格。

3. 包装标识难：海运化工原料需要进行标记和标识，在包装上标识相应的危险品编号、名称、符号、颜色、语言等信息，需要按照相关国际或行业标准进行操作。

4. 检疫审批难：海关还会对货物进行抽查，检查过程中会要求提供检验报告、质量证明等文件，证明货物在出口前已经进行过必要的检疫等审批手续，这些手续比较繁琐，需要耗费较多的时间和精力。

5. 费用高昂：出口化工原料需要支付一定的费用，包括危险品管理费、危险品报关费、危险品舱单费、安全附加费等，这些费用相对于普通货物而言较高。

化工原料从桂林海运出口报关的难点主要在于输送、申报、包装标识、检疫审批以及费用高昂等方面。出口方需要提前准备好必要的文件和证明，注意标识和包装，选择合适的海运公司和运输工具，确保货物安全顺利地出口。